Když se spojí biologie s počítači…

Moderní vědní obor bioinformatika dnes slouží nejen při luštění genomu či modelování neznámých molekul pro vývoj nových léků, ale také například v kriminalistice, kde se s jeho pomocí dá třeba usvědčit pachatel trestného činu.Moderní vědní obor bioinformatika dnes slouží nejen při luštění genomu či modelování neznámých molekul pro vývoj nových léků, ale také například v kriminalistice, kde se s jeho pomocí dá třeba usvědčit pachatel trestného činu.

V 90. letech minulého století dostalo zelenou nové vědní odvětví zvané bioinformatika, které využívá všech nejnovějších znalostí v oboru biologie, stále výkonnějších počítačů a v neposlední řadě i všudypřítomného internetu.

Možnosti využití bioinformatického výzkumu jsou nedozírné.

Bez počítače by to nešlo Počítače zasahují do stále více oborů lidské činnosti. Nejinak je tomu tedy i v biologii, kde vědci zkombinováním obrovské výpočetní síly počítačů a vědomostí z „klasické“ biologie hledají vzájemné souvislosti mezi různými organismy v celém evolučním vývoji.

To by se bez schopností počítačů namohlo nikdy podařit. Asi nejznámější z tohoto hlediska je snaha o rozluštění genetických informaci, které si v sobě každý živý tvor nese. Bioinformatika rovněž usiluje o možnost předpovídat funkce biologických molekul, které na základě dědičné informace vznikají.

Brzdy na míruVědecky atraktivní součástí bioinformatiky je počítačové modelování trojrozměrných struktur biologických molekul, které zatím nebyly získány experimentálně. K čemu je nám taková znalost jejich prostorové struktury?

Farmaceutické koncerny například vyrábějí léky takzvaně „na míru“, což jsou relativně malé molekuly, které přesně, jako klín do ozubeného soukolí, zapadnou do velké biomolekuly a zablokují tak její činnost.

Jedná-li se o nějaký důležitý enzym, bez něhož nemůže určitý druh bakterie přežít, pak se tato malá molekula stane specifickým antibiotikem a medicína postoupí zase o krůček dál. Bez znalosti tvaru velké molekuly ovšem vědci nemohou takový účinný lék navrhnout.

Jak se modeluje protein?Řada prostorových struktur biomolekul (jedná se zejména o proteiny) již byla určena experimentálně, avšak takový postup je velice pracný a zdlouhavý. Je ovšem známo, že i příroda často používá osvědčené metody a že se tedy některé proteiny navzájem velmi podobají.

Tak se ve vědeckých hlavách zrodila myšlenka, že by se dala prostorová struktura nějaké molekuly odvodit na základě analogie s jinou molekulou. Základním předpokladem je, aby obě srovnávané molekuly měly do jisté míry podobný sled aminokyselin, které je tvoří.

Protein si můžeme představit jako řetízek korálků (aminokyselin), zmuchlaný do klubka, avšak tento chuchvalec, i když se to na první pohled nezdá, má přesně danou architekturu. Vlastní modelování pak probíhá v podstatě tak, že oba řetízky natáhneme, přilepíme je k sobě v místech, kde si odpovídají, a pak je současně zmuchláme do původního tvaru „klubka“ – proteinu.

Po stopách pachateleDalší zajímavou kapitolou bioinformatiky je určování příbuzenských vztahů mezi různými organismy, které se vyvinuly během několika milionů let evoluce. Historické způsoby klasifikace rostlin a živočichů byly založeny na vzájemném srovnávání jejich anatomických znaků.

První přírodovědci odvedli obrovský kus práce, ale v některých případech, jak později vyšlo najevo, se spletli,.Dnes má věda k dispozici výkonné laboratorní přístroje zvané sekvenátory, které „přečtou“ genetickou informaci (často stačí i její část) prakticky kteréhokoli organismu.

Používají se mj. v soudním lékařství při identifikaci obětí či pachatelů, kdy k dispozici není jiný důkaz než kousek tkáně. Prvotním výstupem ze sekvenátorů je dlouhá řada písmen, která nezasvěcenému člověku připadne jako nerozluštitelná šifra.

Ve světových databázích však existují obrovská množství písmenných sekvencí, které byly získány obdobným způsobem. A zde přicházejí na řadu supervýkonné počítače, jež srovnají nově nalezenou sekvenci s dříve určenými „šiframi“ a přisoudí jí nové místo ve světové databázi.

Známe-li druh organismu, ze kterého byla tkáň získána, můžeme jeho „šifru“ porovnat se sekvencemi organismů, o nichž se domníváme, že jsou příbuzné a tuto domněnku pak potvrdit či vyvrátit. Řada organismů dosud čeká na své objevení (zejména v deštných pralesích nebo na mořském dně) a bioinformatika bude výkonným nástrojem, který pomůže tyto zoologické či botanické „nováčky“ správně zařadit do již existujícího taxonomického systému.

Rozluštíme sami sebe?Sekvenátory se dnes používají i k rozsáhlým projektům, jako je přečtení kompletní genetické informace (tzv. genomu) vybraného organismu. Je to zdlouhavá práce a přestože již některé organismy byly „přečteny“, výsledky ještě nejsou navenek zcela zřejmé.

Nejvyšší metou bioinformatiky je totiž rozluštění genomu, tedy určení funkcí jednotlivých úseků DNA, která je nositelkou genetických informaci. Tento úkol je neobyčejně náročný, protože struktura DNA je vysoce komplikovaná a příroda ji „zašifrovala“ tak dobře, že ani po několika desetiletích výzkumů nedokáže současná věda spolehlivě určit funkce některých neznámých úseků DNA.

Proslulý projekt HUGO, jehož úkolem bylo přečtení kompletního lidského genomu, byl dokončen na začátku tohoto století. Nikdo však zatím nedokáže odhadnout, jak dlouho bude trvat, než plně porozumíme genetické informaci, kterou v sobě nosíme.

Až se tak jednou stane, možná budeme svědky tolik diskutovaných genových manipulací, které by snad mohly zabránit propuknutí některých vážných chorob. Internetový svět bioinformatikyBioinformatikou se zabývá řada výzkumných ústavů na celém světě: · European Bioinformatics Institute (EBI): http://www.ebi.ac.

uk/· National Center for Biotechnology Information (NCBI): http://www.ncbi.nlm.nih.gov/· Swiss Institute of Bioinformatics (SIB): http://www.isb-sib.ch/Databáze biologických dat jsou většinou volně přístupné každému, kdo o ně projeví zájem.

Informace jsou přehledně uspořádány a návštěvník internetových stránek zde najde i podrobná vysvětlení, pokud něčemu nerozumí.· Entrez: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gquery/gquery.fcgi· Universal Protein Resource (UniProt): http://www.expasy.uniprot.

org/· Protein Data Bank (PDB): http://www.rcsb.org/pdb/

Autor: Lenka Šnajdrová
Rubriky:  Technologie
Publikováno:
Další články autora
Právě v prodeji
Tip redakce

Související články

Filmová „studená válka“: Rusové se pokusí zastínit Cruisův projekt vlastním vesmírným natáčením

Filmová „studená válka“: Rusové se...

Na oběžné dráze zřejmě vypukne další konkurenční boj mezi dvěma...
Až příliš spoléhala na techniku… Za loňskou nehodu autonomního vozu má pykat jeho „řidička“

Až příliš spoléhala na techniku… Za...

Psal se 18. březen roku 2018, když se na silnici v arizonském městě...
Fotbalová hvězda stane v čele projektu zaměřeného na zrakově postižené

Fotbalová hvězda stane v čele projektu...

Společnost OrCam Technologies, lídr na poli inovací založených na využití...
V Indii byl vynalezen robot na sběr kokosů

V Indii byl vynalezen robot na...

Také státy, od kterých se po technologické stránce neočekávají zázraky,...
Umělá inteligence z Česka pomáhá chytat zločince po celém světě

Umělá inteligence z Česka pomáhá...

Terorista, jenž se chystá nastoupit do letadla, vězeň, který se pod záminkou...
Fishsurfing používá 200 tisíc uživatelů

Fishsurfing používá 200 tisíc...

Galerie fotografií a videí rybářských úlovků, největší databáze soukromých revírů v...
Domácí monitorování srdce s využitím mobilního telefonu

Domácí monitorování srdce s...

Brandýská nemocnice v současné době nabízí svým pacientům možnost domácího monitorování...
Cestování v době koronaviru bude bezpečnější

Cestování v době koronaviru bude...

Česká technologická společnost SmartGuide nabídne Čechům možnost...
Japonsko investuje do létajících aut. Chtělo by je komercializovat do roku 2023

Japonsko investuje do létajících...

Reálný plán, nebo jen naivní sen? Japonská vláda nedávno oznámila, že hodlá...
Přístroj na úpravu jídelníčku rozpozná Covid-19

Přístroj na úpravu jídelníčku...

Malé zařízení britské společnost DnaNudge mělo původně upravovat...

Nenechte si ujít další zajímavé články

Legenda O sedmi spáčích: Komu patří obrovské hroby v Tunisku?

Legenda O sedmi spáčích: Komu...

Na jihu Tuniska se nachází slavná osada Chenini, kam se sjíždějí turisté...
Karel IV.: Měl zkušenosti s nevysvětlitelnými jevy?

Karel IV.: Měl zkušenosti s...

Dnes si připomínáme 700 let od narození českého krále a římského císaře Karla...
VIDEO: Kuličková dráha, od které neodtrhnete oči!

VIDEO: Kuličková dráha, od které...

Dřívka, magnety, pružinky a kuličky. Stačí pár...
5 nejnebezpečnějších žen na světě: Jaké zločiny spáchaly?

5 nejnebezpečnějších žen na světě:...

Přinášíme exkluzivní přehlídku 5 zástupkyň něžného pohlaví, u kterých...
Jak zbohatl bankéř Nathan Rothschild? Díky mazané lži!

Jak zbohatl bankéř Nathan...

„To je bomba,“ mne si ruce bankéř Nathan Rothschild. V kočáře jede na...
I přes Downův syndrom dokázali plnit svůj sen

I přes Downův syndrom dokázali...

I přes svůj handicap dokázali jít za svým snem a všem...
Skotské bojiště Culloden Moore vyděsilo i slavnou spisovatelku

Skotské bojiště Culloden Moore...

Inverness je nádherné skotské město ležící na řece Ness nedaleko známého...
„Influenceři“ historie: Newton s Ježíšem?

„Influenceři“ historie:...

Největší influenceři nebo také nejvlivnější lidé historie...
Opavští Přemyslovci: Schopní diplomati, vrah a černá ovce

Opavští Přemyslovci: Schopní...

Papež Alexandr IV. uznává v říjnu roku 1260 nemanželské děti českého krále Přemysla...
Poznejte své IQ

Poznejte své IQ

V našem profesionálně sestaveném testu ihned zjistíte přesné výsledky a obdržíte certifikát.