V roce 1576 se českým králem stává Rudolf II., který byl podobně jako jeho habsburští předci i následovníci římskoněmeckým císařem. Zpočátku se zdálo, že do českých zemí se vracejí staré zlaté časy, které je opustily se začátkem husitských válek..

Rudolf přestěhoval z Osmany ohrožené Vídně své císařské sídlo do Prahy, která se v té době stala centrem evropské kultury a vzdělanosti. Kromě Keplera či Braheho, což jsou vědci uznávaní dodnes, v Praze působili i podvodníci, jako například známý magistr Kelley.

V zemi však panovalo napětí mezi ctižádostivými šlechtici, kteří navíc byli různého náboženského vyznání. Například katolík Jiří Popel z Lobkovic se prosazoval natolik, že se od něj dokonce distancovali i papežští nunciové (reprezentanti Říma).

Nakonec byl císař pod tlakem svého okolí donucen odsoudit Popela k doživotnímu vězení. Rudolf II. byl pak ve své politice stále více pasivní a podléhal manipulaci svého okolí.

Císařův problém tkvěl v tom, že nebyl zdráv. Trpěl psychickými poruchami, a i proto se před problémy okolního světa schovával u svých bohatých uměleckých sbírek. Navíc se při oblíbených nočních radovánkách nakazil syfilidou.

„V souladu s nápadným nálezem vyhojené destrukce horní čelisti jsme zjistili i zdvojení kompakty na tibiích (zdvojení plášťové vrstvy na holenních kostech – pozn. red.). Oba tyto nálezy potvrzují pokročilou formu terciální syfilis, v tehdejší době nespecificky léčenou rtutí,“ potvrdil Rudolfovu diagnózu o mnoho let později paleoantropolog Emanuel Vlček. Císařovy deprese vedou dokonce k pokusu o sebevraždu.

Je samozřejmé, že zlomený panovník jen obtížně zvládal situaci nejen v Čechách, ale i v Rakousku a v Uhrách, kterým Habsburkové vládli. Intriky na dvoře vedly k tomu, že Rudolfovi příbuzní začali usilovat o jeho sesazení. Císařský trůn podle jejich představ měl obsadit Rudolfův mladší bratr Matyáš.

V lednu 1611 do Čech vpadla vojska Rudolfova bratrance Leopolda, který byl pasovským biskupem. Praha byla vydrancována a Rudolfova pozice se ukázala jako neudržitelná. V květnu 1611 abdikoval ve prospěch Matyáše a o rok později v Praze zemřel.

O sedm let později v Praze vypuklo povstání, které se stalo jedním z ohnisek třicetileté války.