Choroby jako je malárie, cholera, mor a influenza patří z historického úhlu pohledu mezi čtyři největší epidemiologické zabijáky. Právě podmínky doprovázející horkou fázi ENSO mimořádně nahrávají jejich šíření. .
Například komáři mají přirozenou tendenci vyhýbat se chladnějším oblastem, osoby žijící ve vyšších nadmořských výškách jsou tak před nimi obvykle v bezpečí. Vlivem růstu teplot během horké fáze ENSO ale dochází k přenosu chorob i mezi tuto zranitelnější část populace, která neměla šanci si vybudovat příslušnou imunitu.
Zbytky stojaté vody ve vysychajících řekách, nebo zaplavení běžně suchých oblastí jsou dalšími okolnostmi, které umožňují hmyzím přenašečům radikálně znásobit své počty. To ale neplatí jen pro hmyz.
Během tzv. „velkého El Niña“ v letech 1790–1794 vyústila velmi horká léta a mírné zimy v USA v rozšíření influenzy, která málem připravila o život i prezidenta George Washingtona (1732–1799).
Rána za ranou
Někteří badatelé jsou toho názoru, že náhlá klimatická změna asociovaná s El Niño připravila podhoubí také černé smrti, která ve 14. století zaplavila velkou část světa. Odkud přesně tato morová zpráva přišla, je zatím předmětem dohadů.
Ve hře je Indie, Čína nebo střední Asie. Jedna skupina výzkumníků poukazuje na zajímavou spojitost, která by mohla hledání přispět. Po roce 1300 se na indickém subkontinentu opakovala silná období El Niño doprovázená suchem a šířením choroby podobné moru.
K tomu byla západní Evropa mezi říjnem 1345 a červnem 1346 vydána na milost katastrofickým srážkovým úhrnům následovaným neúrodou a hladomorem, který trval až do konce roku 1347. To zanechalo evropskou populaci oslabenou a vysoce zranitelnou vůči černé smrti, která do italských přístavů přicestovala v roce 1347.
Také pozdější morové epidemie, zejména velký mor v Anglii roku 1660, se shodoval s epizodami El Niña. V nedávné době v kombinaci s moderními způsoby dopravy se mor dostal i do míst, kde byl předtím neznámý.
Během silného El Niña 1899–1900 se například s chorobou seznámilo australské Sydney. Dýmějový mor řádil na kontinentě následujících 10 let a jen díky přísným opatřením zahubil relativně malý počet osob, konkrétně 535 lidí.
