Ve snaze porozumět různým funkcím genomu kvasinek zvolil tým z Johns Hopkins University School of Medicine netradiční metodu. Klasické postupy mění obvykle jedno místo, jeden gen a pak se snaží přijít na všechny důsledky.

Tento výzkum byl postavený naprosto opačně. Vědci zkonstruovali od základů nový chromozóm, kompletně celý a pak s ním nahradili jiný a sledovali, co tím způsobili.  Kvasinky Saccharomycetes jsou asi nejprostudovanějšími organismy na planetě, kvasí chléb i pivo, už byly použity téměř ke všemu, co genetiky mohlo napadnout, od medicíny po biopaliva, takže se staly vhodnými kandidáty i pro implantaci syntetického chromozómu.

Při jeho navrhování bylo nutné dodržet základní pravidla – nesmí ohrozit přežití kvasinek a musí obsahovat schopnost flexibility a genetické změny.

Pomocí již známého genetického kódu genomu kvasinky jako výchozího, vytvořili vědci software pro generování řady systémových změn v sekvenci DNA. Vytvářeli mutovanou „verzi 2.0“ z původního 9R chromozómu kvasinek (nejmenší chromozóm v genomu kvasinky, obsahuje asi 100.000 párů bází DNA a představuje zhruba jedno procento genomu) a nahradili s ním ten původní.

Buňky obsahující umělé chromozómy byly testovány na jejich schopnost růst na různých živinách a v různých podmínkách a v každém případě byly k nerozeznání od přirozených kvasničných kultur.

To, co odlišuje zkonstruovaný chromozom od původní verze i od jiných syntetických genomových projektů je „inducibilní vývoj systému“, v podstatě způsobuje sebeuspořádávání a zavádění změn podobné tomu, co by se mohlo stát v průběhu evoluce, ale bez dlouhého čekání.

Rozdíly v kulturách vzniklých z jedné buňky ukázaly, že syntetický genom skutečně způsobuje náhodné variace. Když tým analyzoval molekulární strukturu syntetických chromozomů z této divoce kombinované populace, zjistil, že v chromozomech nastaly drobné přestavby, změny na různých náhodných místech.

Pokud si představíme kvasinkový genom jako balíček karet, mají nyní vědci systém, podle kterého mohou míchat a/nebo odstranit různé kombinace a dostat množství různých kombinací do pokru nebo pasiánsu ze stejného startovacího balíčku.

Tyto experimenty jsou podle jejich autorů začátek velkého projektu, jehož hlavním cílem je syntetizovat celý genomu kvasinky (asi 6000 genů) a zjistit, které kombinace mohou být nejperspektivnější a které geny a do jaké míry jsou postradatelné.