Jak polapit nukleovou kyselinu?

Všechny živé organismy na planetě Zemi mají všechny svoje vlastnosti zakódované v biologické molekule, která byla pojmenována jako deoxyribonukleová kyselina. Ve skutečnosti plán výstavby organismu určují pouze čtyři chemické sloučeniny nazvané adenin, cytosin, thymin a guanin.Všechny živé organismy na planetě Zemi mají všechny svoje vlastnosti zakódované v biologické molekule, která byla pojmenována jako deoxyribonukleová kyselina. Ve skutečnosti plán výstavby organismu určují pouze čtyři chemické sloučeniny nazvané adenin, cytosin, thymin a guanin.

Rozpoznání úplné sekvence deoxyribonukleové kyseliny člověka na počátku 21. století rozpoutá na poli biotechnologií prudkou horečku po jednoduchých postupech, jak rozpoznat známý úsek DNA. Na otázku proč je celkem jednoduchá odpověď.

Chceme znát, zda jsme ohrožení vážnou chorobou nebo jsme náchylnější k infekci nebezpečným virem nebo bakterií. Aby se taková sci-fi mohla naplnit, musí věda učinit řadu kroků a krůčků, které začínají objevem nukleových kyselin.

Těm na počátku nikdo nevěří a nepřikládá jim prakticky žádnou biologickou důležitost.

Jak to bylo s jejich objevem?Molekula deoxyribonukleové kyseliny je popsána v roce 1869, kdy se švýcarskému lékaři Miescherovi podaří izolovat DNA z bílých krvinek, obsažených v hnisu. Bohužel se mu nedaří získat dostatečně čistý vzorek na to, aby DNA mohla být dále zkoumána.

Význam molekuly DNA objasnil pokus na bakteriíchVe dvacátých letech pak britský genetik Frederick Griffith dokazuje, že je možné pneumokoky jednoho typu přeměnit v typ jiný, pokud jsou vystaveny působení zahřátého buněčného extraktu tohoto jiného typu a že tato změna je trvalá a dědičná.

Griffith má k dispozici dva kmeny pneumokoků. Jeden typ s vnějším pouzdrem (při kultivaci buňky rostly jako drsné kolonie) nebo bez pouzdra (kolonie byly hladké). Kmen pneumokoka s hladkými koloniemi je velmi viruletní (způsobí onemocnění).

Naočkované myši velmi rychle umírají na infekci. Zajímavé je, že kmeny, tvořící drsné kolonie, myším smrt nezpůsobí. Při experimentu s injikovaným pneumokokem z drsných kolonií a teplem usmrcených buněk z hladkého pneumokoka zjišťuje, že myši také rychle uhynou.

Co navíc, je možné izolovat z těchto myší pneumokoky, tvořící hladké kolonie. Na tomto pokusu postaví další experimentální práci tři vědci z Rockefellerova ústavu v USA – Avery, McLeod a McCarthy. Ti o 15 let později zkoumají, co zapříčinilo takovou změnu.

Podaří se jim dokázat, že za touto změnou stojí molekula DNA a nikoliv bílkoviny, jak se obecně soudilo. Tím je role DNA v mechanismu dědičnosti prokázána.

Nalezení struktury DNAObjevit charakteristickou strukturu DNA se podaří až v roce 1953 dvěma vědcům z Cambridge (Jamesi Watsonovi a Francisi Crickovi). Pro odhalení struktury DNA využívají rentgenovou strukturní analýzu.

Model DNA sestavují 28. března 1953. V roce 1962 obdrží společně Nobelovu cenu za fyziologii a lékařství.

Kolik druhů je nukleových kyselin?Věda na počátku 21.století posunuje znalosti o biologických informačních molekulách a nyní je již velmi obtížné určovat, která z nich je významnější. Ve všech živých organismech nalezneme dva druhy nukleových kyselin, a to deoxyribonukleovou kyselinu (DNA) a kyselinu ribonukleovou (RNA).

Na základě rozborů nukleových kyselin se zjistí, že obsahují 15 % dusíku a 9–10 % fosforu. Velmi významnou vlastností nukleových kyselin je také schopnost srážení v přítomnosti alkoholu. Chemicky je rozdíl pouze v záměně jedné funkční skupiny na molekule cukru.

Se strukturou to není tak jednoznačnéWatson a Crick popíší, že molekula DNA v živých organismech vytváří dvojšroubovici. Nyní víme, že molekuly DNA jsou sice většinou dvojšroubovice, ale u některých virů se objevují i jako jednovláknové molekuly.

Molekuly RNA jsou většinou jednořetězcové, ale u virů mohou být také dvouřetězcové.

Kde jsou uloženy a jaký mají význam?Nukleové kyseliny jsou uloženy v buňkách. S uložením molekuly DNA to není tak jednoduché a řetízky (vlákna) se splétají a vytvářejí dvojitou šroubovici. Zaplétání pokračuje, až za spoluúčasti řady proteinů vznikne útvar, kterému říkáme chromozom.

Molekuly DNA u bakterií jsou uloženy přímo v cytoplazmě buněk a nemají kolem sebe žádnou další ochrannou vrstvu vytvořenou z biologické membrány. U virů je nukleová kyselina velmi často dobře chráněna útvary, kterým se říká kapsidy.

Smysl je naprosto zřejmý – uchránit nukleovou kyselinu před vnějším vlivem do doby, než se bude moci množit. U buněk vyšších organismů je molekula DNA uložena v buněčném jádře. Sama struktura buněčného jádra je velmi složitá, a jak se ukazuje z posledních výzkumů, není tak stálá a pevná, jak jsme si doposud mysleli.

Zkuste se podívat na nukleovou kyselinuChcete se podívat, jak vypadá nukleová kyselina? Udělejte si jednoduchý pokus. V řeznictví si kupte kousek prasečí nebo hovězí sleziny. Tu pečlivě rozkrájejte a dejte do pevné misky.

Pomocí vařečky roztírejte v roztoku soli (10%, tj. 10g/100 ml vody). Předejte (??) přibližně desetinásobek množství sleziny. Opatrně se pokuste oddělit kapalinu od zbylých částí sleziny. Ke kapalině postupně přidávejte ledovou tříšť.

Nyní vezmete obyčejnou špejli a budete jí krouživě pohybovat v roztoku. Během chvíle se na špejli začnou namotávat bílá vlákna molekuly DNA.

Magnetické částice pro snadnější zachyceníPro zachycení velmi malého množství DNA by nám však špejle nestačila. Proto jsou hledány důmyslnější způsoby, jak to udělat. Jedna z technologií je založena na magnetických částicích.

Magnetické částice mají velikosti 5 nm–100 µm a jsou z kovového jádra (železa nebo i zlata). Na povrch takové částice je možné chemicky upevnit další molekuly, které nám usnadní zachycení námi hledané nukleové kyseliny.

Výsledek je pak zaručený, zachytíte hledanou nukleovou kyselinu.

Jak probíhá taková izolace? Magnetické částice se přidají ke vzorku, kde na sebe navážou námi hledané molekuly. Třeba tak můžeme hledat přítomnost viru ptačí chřipky nebo HIV. Následně se magnetické částice s navázanou molekulou nukleové kyselinou přitáhnou magnetem ke stěně zkumavky a zbylý roztok s nenavázanými a dalšími látkami se snadno odstraní.

Následuje pečlivé promývání a konečné uvolnění magnetických částic i s navázanými molekulami do námi přidaného roztoku. Dalším krokem je oddělení zachycené nukleové kyseliny od magnetické částice (to je možné zahřáním na vyšší teplotu).

Zachycené molekuly na povrchu magnetické částice se uvolní a je nyní je již snadné je identifikovat.

Jaké to má výhody?Výhody magnetických částic jsou velké. Vlastní vzorek (tkáň, krev) se nemusí složitě upravovat (odstřeďováním, dialýzou apod.), jak je tomu u běžných metod zachycení nukleové kyseliny.

Vynecháním těchto kroků se podstatně zkracuje čas získání cílených biomolekul a navíc se zmenší riziko jejich případného fyzikálního nebo biologického poškození. Získání času může být pak rozhodující například při biologickém teroristickém útoku.

Široké spektrum využitíAnalýza DNA představuje revoluci v biologii. Umožnila zkoumání a porovnávání živočišných a rostlinných druhů. Pomocníkem je v určení biologického otcovství. Policie se bez metod molekulární biologie již neobejde.

V oblasti hledání genetických chorob je pak analýza DNA zcela nezbytná a určující. Dnes se jde ještě dál a cílem je předpovídat riziko vzniku nemoci. Významně se rozvíjí například nové technologie, zvané DNA čipy a čtení genomů.

Více se dozvíte:Rosypal S. a kol: Úvod do molekulární biologie, tisk Grafex 2002.Klouda P.: Základy biochemie, Vydavatelství Pavel Klouda, 2000.Klouda P.: Moderní analytické metody, Vydavatelství Pavel Klouda, 2003Huska D. a kol: Využití paramagnetických částic pro izolaci mRNA, CHEMagazín, 18, č.

3, 14–15 (2008)Kizek R.: Jak rychle rozpoznat nádor, 21. století, č. 1, 93–95 (2006).Kizek R., Adam V., Huska D.: Jak se čte genom, rádio Leonardo (4. 5. 2007, redaktor Hana Staňková) http://media.rozhlas.cz/_audio/00540594.

mp3 Jak se izoluje nukleová kyselina?Běžný postup izolace nukleových kyselin je následující. Vzorek tkáně, pletiva (musí obsahovat nukleovou kyselinu) je nejdříve dokonale rozetřen v přítomnosti běžných vodných roztoků solí.

Takto připravený vzorek je zbaven zbylých velkých částí odstředěním na centrifuze. Vzniklá horní část je odebrána a jsou k ní přidány chemikálie odstraňující proteiny. Po proběhlé reakci je získán průhledný roztok obsahující pouze čistou nukleovou kyselinu.

Nyní je potřebné tuto nukleovou kyselinu převést do pevného skupenství. To se podaří přidáním vychlazeného ethanolu. Po několika minutách se objevují bílá vlákna nukleové kyseliny. Po dalším odstřední je na dně zkumavky izolovaná nukleová kyselina.

Co je to genom?Genom je veškerá genetická informace uložená v DNA (u některých virů v RNA) konkrétního organismu. Zahrnuje všechny geny a nekódující sekvence.Přesněji řečeno, genom organismu je kompletní sekvence DNA jedné sady chromozómů.

V čem se odstřeďuje?Odstředivka (centrifuga) je zařízení, které umožňuje díky působení odstředivé síly oddělit látky těžší od lehčích. Vzorky se umístí do speciálního většinou titanového talíře (rotoru).

Moderní centrifugy jsou plně automatické s nastavitelnou intenzitou otáček a teploty.

Pomáhá i elektřinaNukleovou kyselinu můžeme pozorovat také pomocí změny jejich elektrických vlastností. Tato fyzikální metoda, rozvinutá právě českou elektrochemickou školou, přináší zatím netušené možnosti i v oblasti sledování vazby různých látek (léčiv) na molekulu DNA.

Autor: Dalibor Húska, Vojtěch Adam, René Kizek, Ústav chemie a biochemie Mendelovy lesnické a zemědělské univerzity v Brně
Rubriky:  Genetika
Publikováno:
Další články autora
Právě v prodeji
Tip redakce

Související články

Záměrné poškozování proteinů uvnitř buněk

Záměrné poškozování proteinů...

Badatelům z Univerzity Palackého v Olomouci a Masarykova onkologického...
Zdravější pivo? Vědci poprvé upravili chmel moderní technologií CRISPR

Zdravější pivo? Vědci poprvé...

Více léčivých látek a hořkých kyselin v chmelu chtějí docílit vědci z...
Podařilo se jim poprvé získat DNA

Podařilo se jim poprvé získat DNA

Vědci mohou slavit, vůbec poprvé se jim totiž podařilo získat DNA hmyzu, jenž...
Obří hrášek upozorňuje na Gregora Johanna Mendela

Obří hrášek upozorňuje na...

Otec genetiky Gregor Johann Mendel zanedlouho oslaví 200 let od svého...
Vědci vytvořili genetický manuál pro výzkum mořských prvoků

Vědci vytvořili genetický manuál pro...

Dosud přehlíženým mořským prvokům, kteří však mají zásadní vliv na život...
Architekti obnoví Mendelův skleník v Brně

Architekti obnoví Mendelův...

Místo, v němž Gregor Johann Mendel položil základy dnešní genetiky,...
Jak předcházet mutacím genů?

Jak předcházet mutacím genů?

V Mikrobiologickém ústavu AV ČR se pod vedením Libora Krásného z...
Byl rozluštěn genom krakatice obrovské

Byl rozluštěn genom krakatice...

Vědci pod vedením Caroline Albertinové odhalili genom jednoho z největších...
Jak se vypočítává věk psa? Vědci boří zakořeněné mýty

Jak se vypočítává věk psa? Vědci...

Když se řekne stáří psa, tak si většina jistě vybaví pomůcku násobit věk...
Lidé vs. myši: Mají toho společného více, než se předpokládalo

Lidé vs. myši: Mají toho společného...

Dosud se mezi odborníky předpokládalo, že v procesu vývoje vajíček jsou...

Nenechte si ujít další zajímavé články

Oslnivá záře: Zlatá pagoda s diamantovou střechou

Oslnivá záře: Zlatá pagoda s...

Je krásná. Ohromující. Dominuje nejenom panoramatu bývalé myanmarské metropole...
Pozor na to, čím se líčíte

Pozor na to, čím se líčíte

Nejrůznější způsoby zkrášlování jsou vymýšleny již od nepaměti, historie sahá...
Husitský hejtman Ondřej Keřský z Římovic si živobytí opatřoval loupežemi

Husitský hejtman Ondřej Keřský z...

„Pryč s tím zemským škůdcem!“ vykřikne kdosi a přihlížející dav souhlasně...
Nejsilnější psi na světě: Pořídili byste si je?

Nejsilnější psi na světě:...

Zatímco některá psí plemena jsou malá, přítulná a vhodná do panelákového bytu,...
Hemofilici jsou při pandemii pod tlakem

Hemofilici jsou při pandemii pod...

Stres a psychické vyčerpání zažívá při pandemii kdekdo. Když však navíc...
Bitva o Ramree: Sežrali krokodýli tisícovku Japonců?

Bitva o Ramree: Sežrali krokodýli...

Stát!“ zvolá britský velitel, když se s četou dostane k okraji močálu,...
Život na Saturnově ledovém měsíci

Život na Saturnově ledovém měsíci

Astronomové z Free University v Berlíně přišli s fascinujícím objevem, podle...
Prosím alkohol. Ale bez alkoholu!

Prosím alkohol. Ale bez alkoholu!

Víte, proč pijeme alkohol? Někdo přizná, že je to kvůli povznášejícímu...
Císař Ferdinand I. se pokoušel zatrhnout šizení na tržištích

Císař Ferdinand I. se pokoušel...

„Prvotřídní kvalita, dovoz z Itálie,“ přesvědčuje kupec s látkami bohatou pražskou měšťanku. Žena...
Poznejte své IQ

Poznejte své IQ

V našem profesionálně sestaveném testu ihned zjistíte přesné výsledky a obdržíte certifikát.