Ke dnešnímu dni bylo na světě nalezeno 11 fosilií archeopteryxů v různém stupni zachování. Vědci měli dlouho za to, že během procesu fosilizace došlo k tomu, že původní tkáně byly zcela nahrazeny minerály.

V posledních letech se však ukazuje, že tomu tak úplně není a že si peří jistý podíl původního složení zachovalo. Konkrétně jde o melanosomy, tedy drobounké součásti buněk, které nesou barevný pigment.

 Vědci pod vedením paleontologa Phillipa Manninga z univerzity v anglickém Manchesteru proto mohli ke svým výzkumům experimentální zařízení prestižní Stanfordovy univerzity v Kalifornii, které je jinak využíváno ke stanovování složení chemických vzorků.

Vědcům se podařilo nalézt stopy po kovech a síře, které jsou podle nich jednoznačnými pozůstatky barevných pigmentů. Na tomto základě se jim podařilo vyvrátit, že by byl archeopteryx pouze černý. Černá barva pero podle nich pouze lemovala, přičemž na koních byla ještě zesílena. Vnitřek pera byl barvy světlé.